Un sondeo arqueológico en marzo de 2003 ha descubierto en Hondarribia el enterramiento más antiguo de Gipuzkoa, correspondiente al Neolítico, entre 5000 y 6000 años. Pero la presencia del hombre en Jaizkibel, como atestiguan los restos materiales hallados en el citado monte, datan de hace 100.000 o quizá 150.000 años.
Cuando el poder romano llegó hasta aquí se encontró con que Hondarribia estaba habitada y administrativamente bien organizada. Numerosos hallazgos de cerámica, monedas y utensilios romanos prueban la existencia de una población en el promontorio que actualmente ocupa el recinto amurallado durante los primeros siglos de nuestra era.
Fue el año 1203 cuando el rey Alfonso VIII le otorgó la carta fundacional a Hondarribia.
Sancho el Mayor “mudó el camino francés que venía por Guipuzcoa a Vizcaya e Asturias e Oviedo e los fizo por Navarra e a Logroño e a Burgos e a Leon por donde agora es”. Así escribe Lope García de Salazar, en su Bienandanzas e Fortunas, año de 1455. El primitivo Camino a Compostela iba, pues, por la costa y pasaba por Hondarribia. Existen numerosos e inconfundibles testimonios de ello.
La muralla medieval que protegió la ciudad durante siglos, era incapaz de resistir la potencia de las nuevas piezas de artillería desarrolladas a lo largo del siglo XV, y durante el reinado de los Reyes Católicos comenzó a construirse la actual muralla. Hondarribia puede mostrar hoy día un trazado urbanístico y arquitectónico que es exponente de unas formas de vivir propias de otros tiempos.
Hondarribia fue también durante la edad media un próspero puerto comercial desde donde se embarcaban numerosos productos (trigo, vino, metales..) de Castilla y Navarra con destino a Flandes y otros puertos de Europa.
Su tradición marinera se remonta a la época medieval. La Cofradía de Mareantes de San Pedro se fundó hace más de 600 años. Destaca por su espectacularidad la pesca de la Ballena Franca, que antaño se acercaba a nuestras costas en otoño, durante sus viajes migratorios.
Uno de los deportes populares más arraigados es el remo. “Hondarribia Arraun Elkartea” es el club de remo que recoge la tradición arraunlari de Hondarribia. La primera noticia que se tiene de una participación de Hondarribia en una regata es de 1862 y fue disputada en Bayona donde resultó vencedora. La trainera de Hondarribia es uno de los mejores equipos de la Liga San Miguel llegando a ganar una vez este campeonato. También ha conseguido, a través de los años, 10 Banderas de la Concha, 3 platas y 2 bronces en el Campeonato de España de Traineras, además de 3 Campeonatos del País Vasco de Traineras y 5 Campeonatos de Gipuzkoa de Traineras.